Os Departamentos do Instituto Apóstolo Paulo objetivam aperfeiçoar seus serviços para todos, da seguinte forma:
Arte, Mantém cursos regulares como o de escultura e modelagem em argila, madeira e pedra e curso de Tecelagem e canto coral.
Saúde, promove educação em grupo para mudar hábitos de vida, obter melhor saúde física e mental. Atende com terapia ocupacional, fisioterapia, fonoaudiologia, psicologia, extra-lesson, desenho de formas, reorganização neurofuncional, médico e dentista.
Educação, mantém a escola especial, para deficientes,para crianças,jovens e adultos fundamentada no método Waldorf e na pedagogia curativa e facilita a inclusão social e a convivência dos deficientes, através da Terapia Social, aperfeiçoando habilidades em oficinas de marcenaria, modelagem, padaria, tecelagem, teatro e trabalhos manuais.
O trabalho com os deficientes vai desde o jardim de infância até a colocação no mercado de trabalho e a inclusão na escola regular.